这所学校被安排在波旁宫殿,于1794年12月21日正式开始运转,当时在场的有已经招入的272名学生,以及许多名人,比如福尔科洛瓦、拉格朗日。经过第二轮的考试期,第一届的400名学生被选拔出来,将进行为期三年的数学、物理化学的学习。
1805年,拿破仑一世将学校变为军校,并把学校放到了巴黎圣日内维耶山,安置在原来的Navarre, Tournai和Boncourt三所学校的地址(今天的法国高等教育和科研部)上。拿破仑认为“给那些不是出身富裕家庭的孩子以先进的教育是危险的”,于是他停止了学校的免费制度,制定了高昂的年学费,并修改了入学考试的选拔制度,使得在那些付费的中学学习的经历成为入学必不可少的条件,而这些学校只有那些有产阶级的孩子才能上的起。
1816年4月13日,学校被路易十八通过他的内政部长Vaublanc伯爵以纪律涣散为由解散。1817年1月17日,它又以“皇家综合理工学院”为名重新建立起来。在第二帝国期间,学校的名称是“帝国综合理工学院”。
19世纪中期开始,因为综合理工学院的数学教育十分突出,学校开始被昵称为“X”.。
1970年起,学校不再是军校,但仍隶属于国防部。学校的法国学生在军衔上都是学生军官,然后是军官。学校由一名现役将军领导。1972年起,这所军队的学校被允许招收女性学生。1972年当年有7名女生考进综合理工,其中就有当年的第一名安娜·肖宾奈。1976年,学校搬到了帕莱索的校园,面积186公顷,建筑面积达到了155 000平方米。有3200人在校园工作,其中一半在研究中心。
2009年3月19日,学校的行政会议通过了向校徽中加入“巴黎高科”字样的决定,学校的正式名称仍然不变。